O Copam possui a seguinte estrutura:
I – Presidência;
II – Secretaria Executiva;
III – Plenário;
IV – Câmara Normativa e Recursal (CNR);
V – Câmaras Técnicas Especializadas (CTs):
a) Câmara de Políticas de Energia e Mudanças Climáticas (CEM);
b) Câmara de Proteção à Biodiversidade e de Áreas Protegidas (CPB);
c) Câmara de Atividades Minerárias (CMI);
d) Câmara de Atividades Industriais (CID);
e) Câmara de Atividades Agrossilvipastoris (CAP);
f) Câmara de Atividades de Infraestrutura de Energia, Transporte, Saneamento e Urbanização (CIF);
VI – Unidades Regionais Colegiadas (URCs):
a) Alto São Francisco (ASF);
b) Central Metropolitana (CM);
c) Jequitinhonha (JEQ);
d) Leste Mineiro (LM);
e) Norte de Minas (NM);
f) Noroeste de Minas (NOR);
g) Sul de Minas (SM);
h) Triângulo Mineiro (TM);
i) Zona da Mata (ZM).
As unidades do Copam se reunirão em sessão pública, com quórum de instalação correspondente ao da maioria absoluta de seus membros, deliberando com a maioria simples dos presentes, independentemente da manutenção do quórum de instalação.
